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2010年底，学校顺利通过教育部中医学专业试点认证。 截至2013年10月，学校有中医学、中西医结合2个博士学位授权一级学科，有15个博士学位授权点，有临床医学、中医学、中西医结合、护理学、药学、中药学6个硕士学位授权一级学科，有42个硕士学位授权点，有中医学、七年制中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、医学影像学（医学影像技术）、食品科学与工程、生物医学工程、康复治疗学、信息管理与信息系统、医学实验技术、医学检验技术等19个本科专业及方向。 截至2013年4月，学校有福建省重点学科7个：中西医结合、护理学、康复医学、临床医学、药学、中药学、中医学 ；福建省特色重点学科2个：中西医结合、临床医学（康复医学方向） ；截至2010年11月23日 ，学校有福建省国家重点学科培育建设学科1个：中西医结合临床。 福建中医药大学国家中医药管理局重点学科（截至2011年3月）　　伤寒学中医文献学　　方剂学　　中医诊断学　　中医脾胃病学　　中医骨伤科学　　中医康复学　　中医护理学　　针灸学　　中药化学中西医结合临床　　内经学　　中医急诊学中医养生学　　推拿学中药分析学　　临床中药学　　中西医结合基础　　中医心理学　　中医预防医学 院系设置福建中医药大学中医学院、福建中医药大学中西医结合学院、福建中医药大学药学院、福建中医药大学骨伤学院、福建中医药大学针灸学院、福建中医药大学管理学院、福建中医药大学思想政治理论课教学科研部、福建中医药大学护理学院、福建中医药大学体育部、福建中医药大学康复医学院、福建中医药大学海外教育学院、福建中医药大学成人教育学院、福建中医药大学第一临床医学院、福建中医药大学第二临床医学院、福建中医药大学第三临床医学院 、福建中医药大学海外教育学院、福建中医药大学继续教育学院、福建中医药大学成人教育学院 相关机构福建中医药大学教育发展基金会、福建中医药大学附属人民医院、福建中医药大学附属第二人民医院、福建中医药大学附属厦门市中医院、福建中医药大学附属福州中西医结合医院、福建中医药大学附属泉州中医院、福建中医药大学附属漳州中医院、福建中医药大学附属宁德市医院、福建中医药大学附属三明中西医结合医院、福州市福清卫生学校、福建省中医药研究院、福建中医药大学国际中医药培训中心、福建中医药大学屏山制药厂、福建中医药大学资产经营有限公司　　 学校1998年、2000年、2002年、2006年、2009年五次被福建省委、福建省人民政府授予“文明校园”荣誉称号。2002年和2007年，学校两次在教育部组织的本科教学水平评估中均获得“优秀”。2003年成为福建省人民政府重点建设的8所高校之一。2011年被授予“全国中医药文化建设先进单位”。 2010年12月，学校顺利通过了教育部专家组对学校的中医学专业试点认证。学校拥有3门国家级精品课程，分别是康复护理学、中医诊断学、中医骨伤科学基础；2个国家级教学团队，分别是中医康复及中医诊断学教学团队；4个国家级特色专业，分别是中医学、针灸推拿学、护理学、中西医临床医学；1门国家级双语教学示范课程---经络腧穴学；1个国家级人才培养模式创新实验区---中医师承人才培养模式创新实验区。 截至2013年10月，学校有8个国家（局级）三级科研实验室，2个省级重点实验室。 国家中医药管理局三级科研实验室病理生理学实验室针灸生理实验室骨重建生物力学实验室中医康复技术实验室分子生物学实验室中药药理（细胞结构与功能）实验室中药细胞生物学实验室省级重点科研实验室福建省中西医结合老年性疾病重点实验室福建省运动功能康复重点实验室 截至2013年，纸质资源总量达3万册；各类学术电子资源容量达38TB，文献资源基本覆盖了学校的全部学科范畴。收藏线装古籍图书约1662种，共计9923册（其中古医籍约1400种，8000册），其中最具特色的是福建古代著名医家陈修园、宋慈、杨士瀛、郑奋扬等各类著述80种，315册；福建地域特色文献12种，390余册。 学校另有期刊《福建中医药大学学报》，主要刊载研究中医中药，中西医结合的新成果、新观点、新技术、新方法和临床各科的诊疗经验。 为弘扬中医药文化，追踪科技前沿信息，2006年，学校开设“旗山讲坛”，陆续聘请了陈可冀、陈凯先院士等著名专家学者进行学术专题报告。 学校与美国、德国、澳大利亚、日本、马来西亚、台湾、香港等国家和地区的高等院校、科研医疗机构、学术团体建立了稳定的合作关系。

国际医药卫生导报、华厦医学、右江医学院学报、右江医学、医学文摘，等等。

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