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啥毕业论文？本科？硕士？博士？
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初稿应该算是毕业论文的大体完成版本了。如果后期还有二稿、三稿，也是在初稿的基础上进行的修改。还有初稿中，论文的大纲肯定是已经敲定或成型了，如果后期修改的话，涉及到改大纲什么的比较麻烦，一般都是先出论文提纲，在做论文的。之前您说过交过开题报告，如果开题中有论文提纲，导师也通过的话，那么后期做论文应该好一些。
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论文格式一般由：“ 封面中文摘要英文摘要中文目录 英文目录毕业论文主体 附录 参考文献 致谢”九大板块组成，建议你去论文网站下几篇成品论文看看，希望能帮到你……
不需要修改。官网下载的格式是专门发表论文使用的格式，只需要按照模板提交即可，无需修改。模板，是指作图或设计方案的固定格式，有时也指DNA复制或转录时，用来产生互补链的核苷酸序列。模板是将一个事物的结构规律予以固定化、标准化的成果，它体现的是结构形式的标准化。
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在网上搜索各大网站都有模板的。中国医科大学官网，各大文库网都有非常好的模板。学位论文格式规范是基于医学学位论文常规格是设定的。
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