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瘟疫，亦称大流行，最常见的是鼠疫，又称黑死病，有腺型、肺型和败血症型三种，在人类历史上有过三次跨洲际的传染力。最早在《旧约圣经》中已出现类似鼠疫侵袭亚述军的记载。首次的大流行发生於西元6世纪，疫情持续了五十多年；14世纪欧洲爆发「黑死病」，发病1至3日之内死亡，大约死亡一千七百万至两千八百万条生命，死亡人数占欧洲人口的四分之一以上，义大利、英国死者半数，据称是由中国商人和蒙古军队传入。第三次鼠疫大流行始於1860年，正值中国清朝后期。其它的疫疾还有痘疹（天花）、大头瘟、羊毛瘟、疙瘩瘟、吐血瘟。而在中国，历史上便有大灾之后有大疫的说法，例举如下：上古时期中国古代殷墟甲骨文已有「虫」、「蛊」、「疟疾」、「疾年」等文字的记载[1]。「疠」字可见於《尚书》、《山海经》和《左传》。汉朝公元2年，青周大疫，汉平帝诏曰：「民疾疫者，舍空邸第，为置医药。」三国时期建安二十二年（217年）冬天，北方发生疫病，当时为太子的曹丕在第二年给吴质的信中说：「亲故多罗其灾，徐、陈、应、刘一时俱逝」。除孔融、阮瑀早死外，建安七子之中竟有五人死於传染病。曹植《说疫气》描述当时疫病流行的惨状说：「建安二十二年，疠气流行，家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧。」魏晋南北朝晋惠帝光熙元年（306年）：「宁州频岁饥疫，死者以十万计。五芩夷强盛，州兵屡败，吏民流入交州者甚众。」（《资治通鉴》）永嘉年间（307年—312年），战乱频仍，雍州以东，「人多饥乏，更相鬻卖，奔迸流移，不可胜数。」、「又大疾疫，兼以饥馑，……流尸满河，白骨蔽野。」（《晋书．食货志》）义熙元年（405年），益州大族谯纵据四川，自称成都王。义熙二年（406年），刘裕派遣刘敬宣率兵五千人伐蜀。义熙四年（408年）九月，敬宣部队势如破竹，到达遂宁郡之黄虎，谯纵请求后秦姚兴出兵，姚兴遂派遣平西将军姚赏等率兵增援，黄虎之战中刘敬宣前进受阻，双方相持六十余日，敬宣部队粮草啖尽，此时疾疫大起，「死者大半」，敬宣下令退出四川。到建康时，士兵十不存一。隋朝开皇十年（590年），首都长安发生疾疫。大业八年（612年），山东、河南大水，不久出现疾疫。山东地区灾情尤惨。唐朝代宗广德元年（763年），江东大疫，「死者过半」。「辛丑岁（762年），大旱，三吴饥甚，人相食。明年大疫，死者十七八，城郭邑居为之空虚，而存者无食，亡者无棺殡悲哀之送。大抵虽其父母妻子也啖其肉，而弃其骸於田野，由是道路积骨相支撑枕藉者弥二千里，春秋以来不书。」（《吊道殣文》）宋朝北宋庆历八年（1048年），河北大水，次年三月疫灾。南宋嘉定元年（1208年），江淮一带大疫。（《宋史·五行志》）南宋度宗咸淳七年（1271年），浙江永嘉地区大疫。南宋德佑元年（1275年）六月，常州等城为元军占领，城内居民四处逃窜，「民患疫而死者不可胜计」。南宋德佑二年（1276年）闰正月，元军包围了临安府，德佑二年闰三月，临安府大疫。辽、金、蒙古金末年哀宗正大九年（1232年），汴京疫病大起，「都人不受病者万无一二，既而死者继踵不绝。」当时汴京有城门12座，每日各门送出死尸多达2千具。元朝至大元年（1308年）春，绍兴、庆元、召州大疫，死者二万六千余人。皇庆二年（1313年）冬，京师大疫。（《元史·五行志》）至顺二年（1331年），衡州连岁大旱，又发生疫灾，「死者十九」（《元史·文宗纪》）。1344年，中国淮河流域爆发黑死病，河北商人再沿「丝路」将之传到印度、叙利亚、美索不达米亚等地。同时期蒙古人西征时，将染疫尸体用投石机投入城中，由此散布病毒至欧洲各处。造成1347年欧洲大流行，大文豪薄伽丘的《十日谈》即是以这场瘟疫为故事背景，描写浩劫下的人性。至正十九年（1359年）春夏，莒州沂水、日照二县和广东南雄路大疫。明朝万历八年（1580年），「大同瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者」。万历《山西通忘》卷26记载，潞安「是岁大疫，肿项善染，病者不敢问，死者不敢吊」。崇祯六年，山西出现瘟疫。崇祯「七年八年，兴县盗贼杀伤人民，岁馑日甚。天行瘟疫，朝发夕死。至一夜之内，百姓惊逃，城为之空」。崇祯十年（1637年）以后，山西全境瘟疫大流行「瘟疫盛作，死者过半」，疫情传到河南地区，「瘟疫大作，死者十九，灭绝者无数」。榆林府「大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作」。崇祯十二年夏，商洛山中瘟疫流行，李自成、刘宗敏的义军将士染病。崇祯十三年，顺德府（今邢台）、河间府（今河间）和大名府（今大名）有大疫，人死八九。崇祯十六年二月，北京大疫，病名叫「疙瘩病」，「大疫，人鬼错杂。薄暮人屏不行。贸易者多得纸钱，置水投之，有声则钱，无声则纸。甚至白日成阵，墙上及屋脊行走，揶揄居人。每夜则痛哭咆哮，闻有声而逐有影」。（抱阳生《甲申朝事小计》卷六）崇祯十六年八月，天津爆发肺鼠疫：「上天降灾，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。」（谷应泰《明史纪事本末》）崇祯十七年，天津督理军务骆养性说，「昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。」清朝咸丰五年（1855年）六月，清水大疫。六年五月，咸宁大疫。十一年春，即墨大疫。六月，黄县大疫。（《清史稿·灾异志》）俞樾的《曲园笔记》记载，「同治之初，滇中大乱，贼所到之处，杀人如麻，白骨飞野；通都大邑，悉成丘墟。乱定之后，孓遗之民，稍稍复集，扫除胔骼；经营苫盖。时则又有大疫，疫之将作，其家之鼠，无故自毙，……人不及见，久而腐烂，人闻其臭，鲜不疾者，病皆骤然而起，……或逾日死，或即日死，诸医束手，不能处方；……其得活者，千百中一二而已。疫起乡间，延及城市，一家有病者，则其左右十数家即迁移避之，踣於道者无算，然卒不能免也。甚至阖门同尽，比户皆空，小村聚中，绝无人迹……」光绪二十年（1894年），鼠疫曾发现於香港，后即酿成疫疠。流行於世界。（《中国医学史》，陈邦贤）光绪二十八年（1902年）六月，京津地区爆发霍乱。死亡超过一万余人。直隶总督袁世凯在六月初十日给徐世昌的信函中说：「近日疫症大作，伤人甚多。」1910年，伍连德（1879年—1960年）的《伍连德自传》记载「这种病……满州里一带的俄国人恐是最先染到的。有一部份以捕土拨鼠为之山东移民，患得更多。他们将鼠捕来，剥取其皮，染以颜色，冒充黑貂，售与西方妇女。……一俟有了二三十条鼠皮，即往客栈居住，静候顾主之光临。如果一人患有疫疾，即可传染整个客栈，再延至他处。
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代表性著作2003《福建杉洋村落碑铭》香港：华南研究出版社1991《社会场论》北京：团结出版社。代表性论文2002<从象征生产到制度实现——阳村土改中划阶级的象征资本再生产>,载《清华社会学评论》，2002年第一卷，第一期。2001〈象征资本的再生产〉，《社会学研究》2001年第三期。2001〈民族志的回顾与反思〉，文思理著，张小军译，《清华社会学评论》，2002年第一卷，第一期。2000〈佛寺与宗祠：泉州开元寺的历史个案研究〉，载《传统与变迁——华南的认同和文化》，北京：文津出版社。1999〈文化的经营：福建阳村李氏宗祠「复兴」的研究〉，载《经营文化香港商务印书馆1999年（即将出版）。1999〈宗族结构关系的再思考〉，载《中国家庭及其伦理》，台湾：《汉学研究》杂志出版。1998〈理解中国乡村内卷化的机制〉，香港：《二十一世纪》1998年2月号（总第45期），P150－159。1998〈田野影像的民族志－－宗族「复兴」中的历史重构〉，香港：《香港人类学》总第11期。1998〈天后北传与历史再造－－北方天后庙的田野考察〉，博士後研究论文，载《天后庙与妈祖崇拜》（论文集，正在编辑出版）。1996〈女性与宗族〉，香港：《二十一世纪》1996年10月号（总第37期），页150-59。1995〈儒家何在？－－华南人类学田野考察〉，香港：《二十一世纪》1995年6月号（总第29期），P149-157。1994〈民间信仰复兴与地方文化重构〉，香港：《香港人类学》,第七期，页13-19。1992DragonBoatFestival(VideoTape《端午节》录象片)Co-directedwithZhuangKongshao,Seattle:UniversityofWashingtonPress（西雅图：美国华盛顿大学出版社出版）。1992〈社会场的吸引进化〉，北京：《中国人民大学学报》，第二期，页106-111。1991〈蒿洋民间宗教与信仰一瞥〉，济南：《民俗研究》，第3期，页60-63。1991〈东西方文化的兴衰与自组织社会学研究〉，成都：《社会科学研究》，第6期，页68－70。1991〈中国现实文化选择中的知识分子〉，《青年思想家》，第一期，页77-81。1989〈北方一个汉族村落的社会文化变迁〉，（与庄孔韶）《汉民族研究》（第一辑），广西人民出版社。1989〈本土方法学刍议〉，北京：《社会学与社会调查》，第五期。1988〈人格现代化〉，北京：《中国人民大学学报》，第五期，页102-108。1987〈社会系统认识论的几个问题〉，郑州：《大学文科园地》（郑州大学文科学报），第二期。1987〈城乡社区的三种融合模式〉，上海：《社会科学》1987年第十一期。1986〈社会学中的系统哲学〉，上海：《社会科学》1986年第十二期。近年主要学术发表（2000年以来）1、主要论文（1）English:2012 Lineage and Family, Chinese Society – Change and Transformation, edited by Li Peilin, London and New York: R2007 Collective Memory of the “Pagodatree”: Cultural Informator in Social T With Xu Jing，Cognitive Science International Washington University and Tsinghua U2006 Water，Deity and Power: A case study of water temples in Shanxi province。SEAA Conference，July 2005 Gongde Temples and Fujian Local Religion since Song D IAHR Conference, March,2004 Land Reform in Yang Village: Reproduction of Symbolic Capital and the Determination of Class S Modern China 30(1):1-48, J (SSCI)2004 Symbolic Land Rights in Its Cultural Economic Context： A Case Study of Yang Village, F Social Sciences in China，winter, 2004, pp41-2002 Ancestral Hall and Buddhist Gongde T Chinese Sociology and A V34, N3, pp28- (SSCI)（2）中文（部分）：2012 人类学研究的文化范式——“波粒二象性”视野中的文化与社会，《中国农业大学学报》2012年第2期。（CSSCI）《社会学》9（中国人民大学复印报刊资料全文转发） （CSSCI）2012 为何他乡成故乡？——大槐树传说之集体记忆的民族主义建构。载《中国人类学》，2012年第1期。2012 文治复兴与礼法变革——祠堂之制和祖先之礼的个案研究。《清华大学学报》，2012年第2期。（CSSCI）《社会学》7（中国人民大学复印报刊资料全文转发）（CSSCI），上海《高校文科学术文摘》3全文转发。《社会学报》2全文转发。2012 历史人类学与中国研究，《人类学讲堂》（第一辑），潘蛟主编，知识产权出版社。2012 宗族与中国社会，《人类学讲堂》（第二辑）潘蛟主编，知识产权出版社。2012 让文化拥有自由——法国布列塔尼文化遗产保护考察随笔〈社会学家茶座〉2012年6期。2010 “被族群”：丽江古城的文化保护困境。载《中国社会科学报》2009 中国12村贫困调查——晓锐村，张小军、马亚萍、朱宇晶。载《中国12村贫困调查》（甘肃、内蒙卷），张小军、马春华主编。社科文献出版社。2009 中国12村贫困调查——乾分村，张小军、马亚萍、朱宇晶。载《中国12村贫困调查》（甘肃、内蒙卷），张小军、马春华主编。社科文献出版社。2009 人类发展理念下的贫困问题反思，载《中国12村贫困调查》（理论卷），王晓毅主编，社科文献出版社。2009 咸与权：历史上自贡盐业的市场分析，《清华大学学报》2009第二期。（人大报刊复印资料2009年第6期转载）2009 实践史:一个历史人类学的研究视角——以民间信仰研究为例，载《谁的信仰，谁的空间？》，复旦大学文史研究院编，上海古籍出版社。2009 电影《色·戒》鉴赏的文化实践，载《异文化与多元媒体》，乔健主编，台北：世新大学出版中心。2008 宗族与家族，载《社会学与中国社会》，社科文献出版社。2008 文化生态与文化环保，载《绿叶——传统文化与现代化专辑》，中国环境文化促进会编。《中国社会科学文摘》2008年12期转摘。2007 复合产权：一个实质论和资本体系的视角——山西介休洪山泉的历史水权个案研究，《社会学研究》，2007年第4期。2007 爱的实践：艾滋病防治中的社会性别主流化。与许晶合作，载张小军主编《文化的挑战——文化全球化和社会发展的本土思考》，香港：中国世纪出版集团有限公司。2007 秩序剥夺与城市底边阶级的形成，乔健主编《底边阶级与边缘社会》，台北：立绪文化事业有限公司。2007 历史人类学：一个跨学科和去学科的视野。《清华历史讲堂初编》，三联书店2007年。2007 遗存还是遗产？——简论文化全球化中的“文化遗产”困境，《中国非物质文化遗产保护研究》（上），北京师范大学出版社。2006 产权改制与城市底边阶级的形成——兼论科斯逆定理与产权定理。台湾第七届（2003-2006）大学讲座计划“底边阶级的传统与现代”会议论文（台北）。2006 跨学科与去学科：人类学的三个视角，《光明日报》（理论版）2006年3月28日第12版。2006 认知人类学浅谈，《光明日报》（理论版）2006年11月。2006 社会围绕“现代化”和经济中轴安排的弊端，《中国与世界观察》，2006年第1期。2006 人类发展和遗产保护事业中的乡村旅游。世界旅游组织：《“乡村旅游国际论坛”论文集》。2006 《陕山地区水资源与民间社会调查资料集》补遗七则，张小军、卜永坚、丁荷声，《华南研究资料中心通讯》第42期。2005 《城市贫困的制度思维〉，张小军、裴晓梅，《江苏社会科学》，2005年第6期。2004 《象征地权与文化经济——福建阳村的历史地权个案研究》，《中国社会科学》，2004年第3期。2003 《历史的人类学化和人类学的历史化》，《历史人类学学刊》1(1):1-28。2003 《阳村土改中的象征资本再生产》，《中国乡村研究》，总第二辑，商务印书馆。2003 《导言》，李孝聪、邓小南、筱君（张小军），载黄竹三、冯俊杰编著，《洪洞介休水利碑刻辑录》,中华书局。2003 《民族志方法论的互补性》，《文化人类学理论新视野》（论文集），香港：国际炎黄文化出版社。2002 《宗族化中的功德寺院》，《台湾宗教研究》第二卷，第一期。2002 《阳村的境社与宗族》，《民俗曲艺》（宗教与地方社会专辑II），总第138期。2002 《双重部门与影子国家——平昌源神庙水碑文的田野考察》，《扩展中的公共空间——中国第三部门研究年鉴2001年》，天津人民出版社。2002 《宗族与地方老人政治》，《当代中国农村与乡村治理》，肖唐镖等主编，西北大学出版社。2000 《传统文化生产中的象征性实践》，《清华社会学评论》2001年，第一期。2001 《象征资本的再生产——从阳村宗族论民国基层社会》，《社会学研究》，2001年第三期。2000 《佛寺与宗祠：泉州开元寺的历史个案研究》，载《传统与变迁——华南的认同和文化》，北京：文津出版社。2000 《银翅：中国本土的现象学？》，《清华社会学评论》，2000年创刊号。2、著作：2004 《蓝田》。北京：三联书店（国际书号：ISBN7-108-01969-8/K·416）2003 《福建杉洋村落碑铭》。张小军、余理民，香港：华南研究出版社（国际书号：ISBN 962- 5273-6-3）3、主编：2009 《中国12村贫困调查》（甘肃、内蒙卷），张小军、马春华主编。社科文献出版社。2009 《中国12村贫困调查》（江西、云南卷），张小军、谭深主编。社科文献出版社。2007 《文化的挑战——文化全球化和社会发展的本土思考》，张小军主编，香港：中国世纪出版集团有限公司。2007 《能力与贫困——中国城市贫困的个案研究》，张小军、裴晓梅主编，香港社会科学出版有限公司。2002 《历史与社会》（第七册）。张小军主编。教育部九年义务教育试验教材。人民教育出版社。ISBN 7-107-16201-2/G·92912001 《清华社会学评论》，2001年第一期。执行主编。北京友谊图书出版公司。2001 《传统与变迁——华南的认同和文化》，陈志明、张小军编，北京文津出版社。4、学术随笔和翻译2010 中山先生论房地产，《社会学家茶座》2010年第5期。2009 大湖人家，《社会学家茶座〉2009年第1期。2008 统一与多样化，载《这个世界，我们的——中欧思想者越洋对话》，中国传媒大学出版社。2008 印加文明和生态悲剧，《社会学家茶座》，2008年第6期。2008 南美第一古迹——马丘比丘，《社会学家茶座》，2008年第5期。2008 利马印象，《社会学家茶座》，2008年第4期。2007 二分陷阱与中国本土思想，《社会学家茶座》，2007年第1期。2006 谁在侵蚀中国文化的灵魂？《环球时报》第1180期，2006年6月13日第13版。2004 《反抗还是共谋——阿米巴效应和人类变形虫》，《社会学家茶座》，2004年第三期。2003 《未画句号的〈人类责任宪章〉》，《回顾与前瞻：建立一个协力尽责和多元的世界的对话》，欧洲梅耶人类进步基金会。2000 《从王安石变法看官民关系》，《社会学家茶座》2002年第一期。2001 《民族志的回顾与思考》，文思理著，张小军译，《清华社会学评论》，2001年第一期。2000 《划：话，化——江西人类学田野考察随笔》，《二十一世纪》，2000年6月号。近年主要研究项目课题（2000年以来）:2010-2012 清华大学自主科研项目：美沙酮疗法戒毒的社会学和生理学综合评估指标研究，负责人；2009-2010 国家科技重大专项课题（科技部2008ZX1000103）:《我国艾滋病流行规律、疫情评估和预测方法研究》子项目：中国艾滋病传播模式、干预力度和感染率定量关联模型的研究，项目负责人；2009 世界宣明会：云南永胜扶贫综合项目专项评估，项目负责人；2008 世界宣明会：陕西商洛扶贫综合项目中期评估，项目负责人；2007-2008 世界银行贷款项目：贵州文化遗产保护与发展项目——社会影响评估项目，技术负责人；2007 世界宣明会：甘肃临夏扶贫综合项目中期评估项目，项目负责人；2007 清华大学艾滋病防治政策研究中心项目：中国艾滋病社会影响态势指数体系研究，项目负责人；2006 卫生部：第四轮全球基金艾滋病项目：社会性别主流化研究报告——贵州省，项目负责人；2005-2007 清华大学亚洲研究中心项目：“在人类发展理论下反思全球化对中国社会的影响”，课题负责人；2005-2006 世界银行和中国社科院合作研究项目：“走出贫困：中国贫困的定性研究”，甘肃子项目负责人；2005 DFID：中英艾滋病项目：四川凉山州政策支持项目，项目负责人；2003-2005 国家社科基金办公室：国家社科基金项目：北京、重庆、沈阳及兰州四城市贫困人口生活形态研究，课题负责人；2004-2006 教育部：全国教育科学“十五”规划重点课题：贫困地区义务教育和儿童失学问题的系统性研究，课题负责人；2004 英国国际发展部（DFID）与北京社科院社会发展资源中心项目：“社会发展的理论”，研究项目负责人；2002-2003 英国国际发展部（DFID）项目：甘肃临夏义务教育项目评估，项目负责人；2001-2004 北京市哲学社会科学“十五”规划项目：北京市城市贫困人口的性别、家庭和下岗因素研究，课题负责人；2002 英国国际发展部（DFID）项目：甘肃贫困地区失学问题研究，项目负责人；2000-2002 法国远东学院：中、法合作研究项目：水利与民间组织，山西介休子课题负责人。
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