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学校主办的《疾病监测与控制》是中华预防医学会系列杂志，出版的《内蒙古医学院学报》被教育部科技司评为“中国高校特色科技期刊”、被中国科学技术信息研究所确定为“中国科技论文统计源期刊”。

《内蒙古医学杂志》杂志是经国家新闻出版广播电影电视总局（原“国家新闻出版总署”）批准，内蒙古自治区卫生和计划生育委员会（原“内蒙古卫生厅”）主管，内蒙古自治区医学会主办的国家级医药卫生专业期刊，国内刊号CN15-1108/

《内蒙古中医药》主管单位：内蒙古自治区卫生厅 主办单位：内蒙古自治区中医药学会；内蒙古自治区中蒙医研究所 国内统一刊号：CN15-1101/R ；国际标准刊号：ISSN1006-0979邮发代号 ：16-78 《内蒙古中医药》已经有24

《现代实用医学》、《农垦医学》、《内蒙古医学杂志》、《宁夏医学杂志》、《全科医学临床与教育》、《求医问药》、《日本医学介绍》、《首都医药》、《山东医药》、《数理医药学杂志》、《山西医药杂志(下半月版)》、