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截至2014年6月，学校有4个国家重点实验室，国家中医药管理局三级科研实验室1个，2个省部共建重点实验室，12个广东省重点实验室，4个广东省教育厅重点实验室，校级研究所17个。
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据2014年6月学校官网显示，学校有7个学报期刊，分别是：《南方医科大学学报》、《南方医学教育》、《护理学报》、《中国医学物理学》、《中华创伤骨科杂志》、《中华神经医学杂志》、《中国临床解剖学杂志》。截至2014年，
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