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南京医科大学学报由南京医科大学学报(自然科学版)和南京医科大学学报(社会科学版)组成。
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南京医科大学学报(自然科学版)是中国综合医药卫生类核心期刊,2001年进入国家期刊方阵,为国家科技部确定的中国科技论文统计源期刊,是经国家药监局批准的可发布综合