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据医院官网2015年12月信息显示：医院拥有1个国家重点实验室、2个教育部重点实验室、9个北京市重点实验室，12个全军医学专业重点实验室，国家临床医学研究中心1个，国际联合研究中心1个，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。国家重点实验室（1个）：肾脏疾病国家重点实验室 教育部重点实验室（2个）：肿瘤靶向治疗和抗体药物教育部重点实验室、聋病教育部重点实验室 北京市重点实验室（9个）：北京细胞工程和抗体药物重点实验室、肾脏疾病研究北京市重点实验室 、皮肤损伤修复与组织再生北京市重点实验室 、骨科再生医学北京市重点实验室、衰老与相关疾病北京市重点实验室、肺损伤与感染北京市重点实验室、心血管疾病微创技术研究北京市重点实验室、骨科植入医疗器械工程技术研究中心、聋病防治北京市重点实验室 全军医学专业重点实验室（12个）：肾脏病、肺损伤与感染、老年心血管病、骨科战创伤、声损失防护、数字肝胆外科、创伤修复与组织再生、肿瘤学、口腔颌面修复等国家临床医学研究中心（1个）：肾脏疾病国家临床研究中心 国际联合研究中心（1个）：机器人微创心血管外科国际联合研究中心 据医院官网2015年12月信息显示：医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖22项，国家发明奖3项，军队科技进步一等奖21项。医院承担“973”、“863”等各类课题800多项，在中国国内、国际公开发表的论文总数和国内论文被引用次数连续4年居全国医院之首。2009年全院承担各级别科研课题740余项，在研经费1亿元。近5年获国家科技进步奖12项（一等奖2项，二等奖10项），获北京市科学技术奖21项（一等奖4项，二等奖13项，三等奖4项），获军队奖172项（科技进步奖52项，医疗成果奖120项）。2008年国内论文总数在全国医疗机构中排名第一（3056篇），中国国内论文被引次数在全国医疗机构中排名第一（10214次），MEDLINE收录论文数在全国医疗机构中排名第二（307篇），SCI收录论文数在全国医疗机构中排名第十一（122篇）。2014年国家科学技术奖国家创新团队奖：“解放军总医院器官损伤与修复综合救治创新团队”（陈香美、付小兵院士牵头） 国家技术发明二等奖：“微波消融设备的研发与临床应用”项目（内科临床部超声介入科梁萍教授）国家科技进步二等奖：“肝胆胰微创外科技术研究及其推广应用”项目（内科临床部肿瘤外二科刘荣教授申）、“战创（烧）伤软组织毁损修复与功能重建系列技术创新与应用”项目（304临床部烧伤整形科柴家科教授） 据医院官网2015年12月信息显示：医院主办中国科技核心期刊23种，被SCI收录期刊1种。《解放军医学院学报》：月刊，1980年3月创刊。中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国生物医学文献数据库收录期刊、美国化学文摘(CA)收录刊、美国乌利希期刊指南收录刊、哥白尼索引(IC)收录刊。《中华老年心脑血管病杂志》：月刊，1999年12月创刊。中国医药卫生核心期刊、中国科技论文统计源期刊、(中国科技核心期刊)、2015期刊数字影响力100强、2015年中国医药卫生媒体最佳实践创新奖 。《中华耳科学杂志/Journal of Otology》：2003年创刊，是中文核心期刊、中国科学引文数据库来源期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科技核心期刊。是国内唯一的耳科学领域的专业学术期刊。 《中国医院感染学杂志》：半月刊 1991年9月创刊。中国科技论文统计源期刊、中文核心期刊、中国自然科学核心期刊、中国医药卫生核心期刊、中国学术期刊 文摘收录刊、美国化学文摘（CA）收录刊、精品科技期刊TOP50、USA-CSA来源期刊、POL-IC来源期刊、JPN-JST来源期刊、UK-CABI来源期刊、USA-ULrichsweb来源期刊、WHO-WPRIM来源期刊。 《中华保健医学杂志》：双月刊 1999年3月创刊 。中国学术期刊网络出版总库、中国学术期刊综合评价数据库收录期刊、中国期刊全文数据库（CJFD）收录期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊） 。《中国医学影像学杂志》：月刊 1993年10月创刊。中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库来源期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊、国家卫生部核心期刊。

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有中华医学杂志、第三军医大学学报、第四军医大学学报。《中华医学杂志》是1915年创办的双语学术期刊，周刊，中国科学技术协会主管，中华医学会主办。期刊主要反映中国医学最新的科研成果，积极推广医药卫生领域的新技术、新成果，及时交流防病治病的新经验。 根据2018年4月28日万方数据知识服务平台显示，《中华医学杂志》载文量为18099，被引量为137385，下载量为1326756。2015年期刊在全部统计源期刊（6735种）中排名第434名，在医药卫生总论（122种）中排名第11名；2015年期刊影响因子为48。合作交流针对国内外临床抗感染治疗面临的棘手问题细菌耐药，期刊编辑委员会于2000和2002年分别组织召开了“细菌耐药与抗感染药物合理应用专题学术研讨会”，会上报道了中国全国范围内的细菌耐药现状调查结果，表明中国大中城市细菌耐药的发展态势严峻。