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囡囡宝贝妞
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韵味八足

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现代生命科学技术的论文基因芯片——“生物信息精灵”——浅谈数学、计算机在现代生命科学研究中的作用二十世纪是物理科学的世纪,而二十一世纪则是生命科学的世纪。生命科学,尤其是生物技术的迅猛发展,不仅与人类健康,农业发展以及生存环境密切相关,而且还将对其它学科的发展起到促进作用,所谓"今天的科学,明天的技术,后天的生产"。而生命科学的基础性研究是现代生物技术的源泉、科学和技术创新的关键。现代生物技术,是一门领导尖端科技的学科,正因如此,我很想知道它与数学——我得专业课,计算机等理论或技术是怎样有机的联系在一起的。基于此,我利用课余时间查阅了许多网站、书籍,并有了小小的收获。现就“基因芯片”技术,浅谈如下。一、基因芯片简介基因芯片,也叫DNA芯片,是在90年代中期发展出来的高科技产物。基因芯片大小如指甲盖一般,其基质一般是经过处理后的玻璃片。每个芯片的基面上都可划分出数万至数百万个小区。在指定的小区内,可固定大量具有特定功能、长约20个碱基序列的核酸分子(也叫分子探针)。 由于被固定的分子探针在基质上形成不同的探针阵列,利用分子杂交及平行处理原理,基因芯片可对遗传物质进行分子检测,因此可用于进行基因研究、法医鉴定、疾病检测和药物筛选等。基因芯片技术具有无可比拟的高效、快速和多参量特点,是在传统的生物技术如检测、杂交、分型和DNA测序技术等方面的一次重大创新和飞跃。二、基因芯片技术 生物芯片技术是于90年代初期随着人类基因组计划的顺利进行而诞生,它是通过像集成电路制作过程中半导体光刻加工那样的微缩技术,将现在生命科学研究中许多不连续的、离散的分析过程,如样品制备、化学反应和定性、定量检测等手段集成于指甲盖大小的硅芯片或玻璃芯片上,使这些分析过程连续化和微型化。也就是说将现在需要几间实验室、检验室完成的技术,制作成具有不同用途的便携式生化分析仪,使生物学分析过程全自动化,分析速度成千上万倍地提高,所需样品及化学试剂成千上万倍地减少。可以预见,在不远的将来,用它制作的微缩分析仪将广泛地应用于分子生物学、医学基础研究、临床诊断治疗、新药开发、司法鉴定、食品卫生监督、生物武器战争等领域。 生物芯片技术是目前应用前景最好的DNA分析技术之一,分析对象可以是核酸、蛋白质、细胞、组织等。目前全世界用生物芯片进行疾病诊断还处于研究阶段,国外已将其用于观察癌基因及肌萎缩等一些遗传病基因的表达和突变情况。 生物芯片技术还可以用于治疗,例如已开发出在4平方毫米的芯片上布满400根有药物的针,定时定量为病人进行药物注射。另外,科学家还在考虑制作定时释放胰岛素治疗糖尿病的生物芯片微泵及可以置入心脏的芯片起搏器等。生物芯片技术与组合化学相结合将开辟另一个极有价值的应用方向,即为新药研制提供超高通量筛选平台技术,这必将使新药研究开发和传统中药的成分评估获得重大突破。三、基因芯片的应用技术举例1、基因破译 目前,由多国科学家参与的“人类基因组计划”,正力图在21世纪初绘制出完整的人类染色体排列图。众所周知,染色体是DNA的载体,基因是DNA上有遗传效应的片段,构成DNA的基本单位是四种碱基。由于每个人拥有30亿对碱基,破译所有DNA的碱基排列顺序无疑是一项巨型工程。与传统基因序列测定技术相比,基因芯片破译人类基因组和检测基因突变的速度要快数千倍。 基因芯片的检测速度之所以这么快,主要是因为基因芯片上有成千上万个微凝胶,可进行并行检测;同时,由于微凝胶是三维立体的,它相当于提供了一个三维检测平台,能固定住蛋白质和DNA并进行分析。 美国正在对基因芯片进行研究,已开发出能快速解读基因密码的“基因芯片”,使解读人类基因的速度比目前高1000倍。图1所示为一种内嵌基因芯片的基因检测装置。2、基因诊断 通过使用基因芯片分析人类基因组,可找出致病的遗传基因。癌症、糖尿病等,都是遗传基因缺陷引起的疾病。医学和生物学研究人员将能在数秒钟内鉴定出最终会导致癌症等的突变基因。借助一小滴测试液,医生们能预测药物对病人的功效,可诊断出药物在治疗过程中的不良反应,还能当场鉴别出病人受到了何种细菌、病毒或其他微生物的感染。利用基因芯片分析遗传基因,将使10年后对糖尿病的确诊率达到50%以上。 未来人们在体检时,由搭载基因芯片的诊断机器人对受检者取血,转瞬间体检结果便可以显示在计算机屏幕上。利用基因诊断,医疗将从千篇一律的“大众医疗”的时代,进步到依据个人遗传基因而异的“定制医疗”的时代。3、基因环保 基因芯片在环保方面也大有可为。基因芯片可高效地探测到由微生物或有机物引起的污染,还能帮助研究人员找到并合成具有解毒和消化污染物功能的天然酶基因。这种对环境友好的基因一旦被发现,研究人员将把它们转入普通的细菌中,然后用这种转基因细菌清理被污染的河流或土壤。4、基因计算 DNA分子类似“计算机磁盘”,拥有信息的保存、复制、改写等功能。将螺旋状的DNA的分子拉直,其长度将超过人的身高,但若把它折叠起来,又可以缩小为直径只有几微米的小球。因此,DNA分子被视为超高密度、大容量的分子存储器。 基因芯片经过改进,利用不同生物状态表达不同的数字后还可用于制造生物计算机。基于基因芯片和基因算法,未来的生物信息学领域,将有望出现能与当今的计算机业硬件巨头――英特尔公司、软件巨头――微软公司相匹敌的生物信息企业。四、基因芯片的实际应用 基因芯片在生命科学、医药研究、环境保护和农业等领域有极其重要的应用价值。在基因芯片的驱动下,人类正进入一个崭新的生物信息时代。1、在美国科学家第一次将一个他们称之为生物芯片的计算机芯片植入人体的细胞上,从而使人体细胞与计算机连接。这是美国科学家波利斯·鲁宾斯基(Boris Lubinsky)和他的同事黄永(译音)在3月份的美国《生物医学微设备》杂志中著文披露的。 2、人体细胞外面包有一个细胞膜,该细胞膜具有使特定物质单向通过的功能。多年来,科学家们一直寻求找到用电冲击的方法,使所希望的物质进入细胞膜,但直 到目前为止,所用的方法有时成功,有时失败。而使用鲁宾斯基和黄永研究出来的 新方法,细胞膜由计算机得到一个信号,让某些物质进入到细胞中。随具体场合的 不同,这些物质可以是例如用来改变基因的遗传物质,也可以是药物或蛋白质。这样,就可以更好地使这些物质发生效力。 鲁宾斯基等科学家打算研制出能对例如神经细胞和肌肉等人体组织发出指令的生物芯片,这样至少会使人所服用的药物发挥更大的效力。俄亥俄州立大学生物医学工程中心主任莫里罗·弗拉里称鲁宾斯基的这项发明是处在发展阶段早期的具有潜在作用的实验室工具。美国科学家们称,他们已经找到了一种能使人体细胞和电路进行交配的生物工程芯片,它能在医学和基因工程学方面发挥关键的作用。 这种比头发还小还细的微型装置使健康人体细胞和电子芯片结合,通过电脑对芯片进行控制,科学家认为他们能够控制细胞的活动。 电脑向细胞芯片发送电脉冲,激发细胞膜孔张开,并激活细胞。科学家希望能够大批量地生产这种细胞芯片,并能够把它们植入人体,取代或修正病变组织。 领导这项研究的加州大学机械工程学教授鲍里斯·鲁宾斯基说:“细胞芯片还使科学家在复杂的基因治疗过程中更准确地进行控制,因为他们能够更准确地开启细胞孔。” 鲁宾斯基还说:“我们在生物学领域里引入了工程学的精髓,我们完全可以在不影响周围其它细胞的情况下输入DNA、提取蛋白质以及注射药物。” 该细胞芯片的出现与长期存在的一种理论有关,即一定量的电压能够穿透细胞膜。 多年来,科学家一直在进行用电力轰击细胞试验的遗传研究,希望藉此引入新的疗法和基因物质。研究人员希望能最终制造出与激活不同的身体组织(从肌肉到骨骼到大脑)所需的准确的电压量相调合的细胞芯片。那样的话,将会有数以千计的细胞芯片用来治疗各种类型的疾病。3、用独创技术自行研制的中国第一片应用型基因芯片于近日在第一军医大学正式诞生。 据第一军医大学有关负责人透露,该军医大研制成功的基因芯片,是中国首次应用一种创新的基因片扩增技术,率先攻克了内地同行在基因芯片研究中首先面临的快速经济地搜集数以万数基因探针难题,并巧妙运用新技术手段明显地降低成本。 目前,该芯片已完成实验室工作,即将进入临床验证阶段,如果顺利,用於临床诊断的基因芯片可望不久投入批量生产。但到目前为止,全世界还没有实际用於临床应用诊断的基因芯片生产。 在实验室里,将这几片比大拇指盖稍大的基因芯片,放在检测器上,与之相连的电脑屏幕上立刻出现了纵横交错的红红绿绿荧光点,出现的每个荧光点就是一个基因片断的点阵。只要取病人一滴血放在芯片检测卡上,经过分子杂交后,连上电脑就可以立刻显示出基因变化情况,并通过电脑把基因语言翻译成医生能读得懂的信息,从而对疾病做出准确的诊断。 这种芯片的成功诞生,标志着疾病的诊断由细胞和组织水平推进到基因水平。它们的开发应用将在环境污染控制、动植物检疫、器官移植、产前诊断、药物筛选、药物开发等方面展示出广阔的前景。五、生命科学渐成IT公司关注焦点 人类基因组工作草图绘毕的消息像打开了阿里巴巴宝藏的大门,以基因技术为核心的生命科学市场正吸引着越来越多的淘金者。近来,为这些淘金者生产“铁锨”的资讯科技(IT)公司的积极行动颇为引人注目。1、揭开基因之迷须破译大量数据 人类基因组草图仅仅是读出了“生命之书”,而要真正读懂它,揭示所有基因编码所代表的信息,还必须破译浩如烟海的数据。 在著名的英国桑格中心里,有关人类基因组的数据已经达到22万亿字节,是世界上首屈一指的美国国会图书馆藏书内容的两倍多。据这家中心估计,在未来两至三年内,与人类基因组有关的数据量还将上升到50万亿至100万亿字节。2、生命科学公司10%投资用于开发资讯科技 为了解决处理数据所需的庞大计算能力的问题,世界上最大的12家生命科学公司目前把近10%的科研预算用于资讯科技投资,而且这个比例可能还将增长。 据美国国际商业机器公司(IBM)估计,与生命科学有关的资讯科技市场将在今年达到35亿美元,到2003年达到90亿美元。3、市场潜力巨大 一些著名的IT企业,已将眼光瞄准了这一潜力巨大的市场。例如,IBM已经决定投资1亿美元,用五年时间研制一种名为“蓝基因”的超级电脑。 “蓝基因”的运算能力将是美国现有40台最快的超级电脑运算能力总和的40倍,它主要用于模拟人类蛋白折叠成特殊形状的过程。世界最大的个人电脑制造商美国康柏公司,也垂涎这块“肥肉”。4、康柏趁早下手培养未来客户基础 已经成为生命科学领域电脑服务器主要供应商的康柏公司最近宣布,它将继续投资1亿美元,支持新兴生物技术公司,以培养未来的客户基础。 其实,IT公司还远不止盯着这些近期利益。以基因研究为基础的生物经济可能在新世纪里成为新经济的重要组成部分,对此人们已经达成共识。5、行业标准制定者能享有巨大经济利益 根据以往的经验,率先进入市场的公司大多能够成为行业标准的制定者,这些行业标准往往意味着巨大的经济利益。 今年8月,德国狮生命科学公司的股票上市。由于投资者看中这家公司的基因次序检索系统(SRS)可能成为行业新标准,其股票价格在短短时间里迅速上涨了50%。6、政府支持基因研究 IT公司进军生命科学领域,与各国政府对基因研究的支持密不可分。为了在基因组研究的下一个阶段——分析蛋白质结构的国际竞争中领先,不少国家积极采取措施,促进信息业与生物产业的结合。 例如,日本不久前就组织了“官产学”大联合的“生物产业信息化研究共同体”,参加这个共同体除了制药、食品、生物、化学等与基因科学相关的企业外,还有不少电脑公司。 小结:科学界公认,生物芯片技术将给下个世纪生命科学和医学研究带来一场革命。目前我国科学家正在加速研制这种可能快捷便利提取DNA,查找遗传基因特性的新技术。相信,这一现代生物与高科技联姻的成果将为二十一世纪的发展作出巨大的贡献!
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muxiu木秀

黄永年先生学识广博,视野开阔,其深厚的文献功力,当世学界罕有其匹。他几十年潜心精研,著作等身,在历史学、中国古代文学和古文献学等诸多研究领域均有精深造诣,不仅是中国古代史尤其是北朝隋唐史及唐代文学、古典诗词小说的著名研究专家,更在版本学、目录学、碑刻学、古籍整理等领域内做出了开拓性的贡献,是古文献学学科的一代宗师。黄永年先生先后师从史学大师吕思勉先生、顾颉刚先生、童书业先生,受业名门,学有渊源。他早在大学学习期间发表的论文就引起学界关注,受到著名史家陈寅恪先生的嘉许。近六十年的生涯里,他笔耕不辍,即使在错划右派期间,仍未放弃学术追求,其间撰写有关唐代经济和碑刻书法的文章,直到“文革”以后才陆续发表。 二十世纪80年代到90年代初,黄永年先生主要从事唐史研究,兼及古典诗词和小说。研究玄武门之变、武周政权及其影响、宦官与禁军、肃代朝政局、泾师之变、二王八司马政局、元和后期党争。弄清楚这些无非是权力之争,而并非如通常所说庶族士族之争。黄永年先生在90年代中后期又上溯北齐、北周和杨隋,探讨这一时期的史事。弄清楚北周实较北齐落后而被视为夷狄,周之灭齐惟恃府兵之强实为落后吞灭先进,但府兵缘隋开皇时“垦田籍帐,一与民同”而失去战斗力,文武合一之关陇集团在隋至唐初亦不复存在。其中仍多有与陈寅恪先生旧说之异同之处。至于古典文学方面,则写过《士先器识而后文艺正义》、《长恨歌新解》等文字,并发现了仅存的元刻《新编红白蜘蛛小说》残页,点校了《西游证道书》并考知《西游记》成书经过和版本源流,考知《西洋记》金碧峰的本来面目。黄永年先生注重运用马克思主义历史观来指导学术研究,抵制所谓“古为今用”之类的庸俗方法,并注重解决历史研究中的实际问题,诸多研究成果以史料扎实、考证细密、见解精卓而引起学术界的广泛瞩目和推重,他的学术论文多收在已结集出版的《唐代史事考释》、《文史探微》、《文史存稿》、《树新义室笔谈》、《学苑零拾》、《学苑与书林》等著作中。尤其是凝聚他数十年心血研究中古史的力作《六至九世纪中国政治史》,以历史上北朝至中晚唐一系列影响巨大的事件和制度为重点,进行了系统考察,他以敏锐的历史洞察能力,全面深厚的文献功底,缜密娴熟的考据方法,不仅厘清了诸多千古疑案,大大扩展了对这一时期某些重大史实的深入认识,填补了北朝及隋唐史研究的空白,而且以历史发展的宏观视野,提出若干独具创见的新观点,代表着研究这一时期政治史的最高水平,充分展现了一代史学大家的风范。黄永年先生参与了古文献学学科体系的创立和建设,撰写了《古籍整理概论》、《古籍版本学》、《古文献学四讲》、《史部要籍概述》、《子部要籍概述》和《唐史史料学》等多部著作,享有很高声誉,被中国国内多所著名大学选作教材,为文献学人才的培养,发挥了重要作用。黄先生还积极从事古籍整理事业的实践,精心标点校勘《类编长安志》、《雍录》、《西游证道书》等多种古代典籍,均以质量精良而被视作权威性的版本。 黄永年先生对古代文史知识的普及工作十分尽力,主持完成国家教委古籍整理重点项目《二十四史全译》中的《旧唐书全译》与《新唐书全译》;并为《祖国丛书》撰写《旧唐书与新唐书》、《唐太宗李世民》;还承担了《古代文史名著选译丛书》内《旧唐书》等六种选译,成为该类读物具有典范性的佳作。 黄永年先生堪称教书育人的楷模。他是陕西师范大学历史文献学的创建人,自1979年起招收中国古代史唐史方向硕士生,1982年起又奉部命招收历史文献学硕士生,得其亲传的及门弟子已近百人。黄永年先生先后开设目录学、版本学、碑刻学、文史工具书简介、古籍整理概论、唐史史料学、旧唐书研究、太平广记研究、吴梅村诗研究、隋唐史专题(政治部分)、隋唐史专题(经济文化部分)等课程。黄永年印这些课程和学问都不是当年哪位老师直接传授的,而是凭黄永年先生多年自学而自行建立体系的。其中撰成教材已出版和即将出版的有《唐史史料学》、《古籍整理概论》、《古籍版本学》以及包括目录学、版本学、碑刻学、文史工具书的《古文献学四讲》。 黄永年先生授课内容丰富,贯通古今,挥洒纵横,深入浅出,具有极大的启发性。他所培养的学生,多人已成为学界翘楚,国家栋梁,他所传授的各门学问业已后继有人,他倡导谨严治学的优良传统和朴实学风。

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xianla198501

回顾黄永砯的成长史,“造反”的端倪从大学就开始了,毕业创作他就直接拿着工业喷枪和喷漆而不是画笔来搞创作。他后来回顾大学生涯,说是4年学的东西,用了10年的时间才呕吐干净。大学毕业后他被分配到厦门一所中学做老师,在1980年代中期发起了“厦门达达”艺术团体,这是1980年代美术最极端最叛逆的美术运动群体,最著名的行动是在一次展览之后把所有的作品一把火烧掉了,黄永砯在焚烧的现场,用石灰在地上写上口号:“不消灭艺术生活不得安宁”——当然,黄本人不是这话的彻底实践者。这一切似乎事出偶然,对黄来说却难说不是精心筹划。多年之后谈往事,黄永砯提到,当别的艺术家想要在地上画个太极图案的时候,他当时并不赞同,认为这样会改变行动的意义。对艺术体制的反抗曾经让美术馆成为黄永砯直接“攻击”的对象,他和几位其他艺术家曾经被批准在福建省美术馆展出一个作品,但到展览前却突然改变展览计划,他率领参展艺术家把博物馆外的各种材料和废弃物放进展览空间,因此展览刚开始一个半小时即被封闭。因此,当1989年黄永砯去巴黎参加“大地魔术师”的展览,并选择留下的时候,也许令福建的一些美术界人士感到喜悦——一个让人头疼的“捣乱分子”终于离开了。黄永砯认为法国给了他一个新的语境,尽管开始语言不通,到今天语言可能依然是个障碍,但“一切障碍都不影响交流”。法国生活也给他提供了一个新的官方身份,他不再是中学里的“黄老师”,而是作为艺术家和一些西方最重要的当代艺术家在一起工作。他制作作品的空间也陡然增大,在制作一个有关“山火”的装置时,他把整座山都作为作品使用的场地。黄永砯的很多作品继续挑战美术馆,1992年在美国卡内基双年展上,黄永砯选择了把美术馆图书馆的两排书架全部放上用艺术杂志和艺术书籍洗成的纸浆,把洗的纸浆每一格用有机玻璃密封起来,但是不到一个礼拜,它的臭味就出来了,作品只好被撤。同年在意大利,他把400公斤的大米煮成饭放在美术馆大厅里,这些饭煮了一个星期,后面的还在冒热气,前面的已经慢慢霉掉、臭掉,他认为这个东西象征着美术馆作为一个消化系统,是并没有能力去消化艺术的。这个展览被命名为《不可消化之物》。黄永砯一再强调美术馆是坟墓,美术馆展出的所有的东西都是僵尸,不可能在美术馆里学到艺术。美术评论家、策展人费大为曾经问他,“你为什么不把你焚烧作品的照片、录像和文字全烧掉呢?”黄永砯给出了一个不是太有说服力的回答,“如果连照片都没有了,谁会来相信你呢?”费大为认为,黄永砯的这种矛盾也可以用禅宗来进行比较,两者说的就是一个道理——语言是不能被传达的,语言是没有用的。但是禅宗,光是《五灯会元》就有20卷,啰哩啰嗦讲的就是一句话“千万不要相信文字”。在尤伦斯当代艺术中心的讲座上,费大为对大家说,理解黄永砯的要点就是:“千万不要相信黄永砯。”黄永砯知道了这话,表现得非常高兴。

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