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除 ISI 数据库的 SCI 网络版（ SCIE ）和 CC （ Current Contents/Agriculture, Biology & Environmental Sciences ）以外，据不完全统计，《植物分类学报》还被以下国际和国内数据库收录 。AGRICOLA ( 美国农业文献索引）AGRIS International （国际农业文献索引）BIOSISCABS （ Current Advances in Applied Microbiology & Biotechnology)Excerpta Botanica （植物学文摘）Index Filicum （蕨类索引）Index Kewensis （邱园——英国皇家植物园索引）Index to Plant Chromosome Numbers （植物染色体数目索引）PASCAL （法国科学文摘）Plant Breeding Abstracts （植物育种文摘）The Kew Record of Taxonomic Literature (Royal Botanic Gardens Kew) （邱园——英国皇家植物园分类学文献录）World Checklist of Seed Plants （世界种子植物名录）中国科技论文统计与分析数据库中国学术期刊综合评价数据库中国科学文献数据库中国科学引文数据库中国期刊数据库中国林业科技文献数据库中国学术期刊 ( 全文库 )中国期刊网 ( 全文库 )万方数据资源系统 ( 全文库 )重庆维普 1992 年 全国优秀期刊二等奖中国科学院优秀期刊二等奖中国科协优秀期刊二等奖2000 年 中国科学院优秀期刊二等奖2001 年 中国期刊方阵“双百期刊” 中国新闻出版总署中国期刊方阵2003 年 第一届中国科协期刊优秀学术论文奖2004 年 第二届中国科协期刊优秀学术论文奖此外，《植物分类学报》所发表的论文多次获奖，如1956 年　首次国家自然科学奖颁布时钟补求先生以连续发表在《植物分类学报》上的《马先蒿属的一个新系统》获得国家自然科学奖二等奖。1993 年　惟一的国家自然科学奖一等奖是以秦仁昌院士在《植物分类学报》发表的一篇文章——《中国蕨类植物科属系统排列和历史来源》为奖项全部内容而获得的。2002 年 陈心启 先生等的“中国兰科植物研究”获国家自然科学奖二等奖。这个项目在《植物分类学报》上发表文章 48 篇，占报奖论文总数的 5% 。

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