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实验室拥有一批先进的仪器设备和可用于病原微生物生物安全研究的科研设施100余台件，设备总值近7000万元，为多学科、多层次、开放合作的科学研究提供了良好的科研条件。其中，透射电子显微镜、基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪、液质串联质谱仪、Biacore 3000、全自动病毒核酸工作站、基因芯片仪、病毒载量检测仪、蛋白纯化系统等大型仪器设备可较好地满足重大传染病防控研究和病原微生物实验操作的需要，为重大科研项目的开展提供了优良的科研和实验条件。实验室面积为12 000m2，拥有4套BSL-3实验室、12套BSL-2实验室、1套细胞层流洁净实验室和1套生物工程药物中试实验室。实验室建有菌种库、毒种库、立克次体库、细胞库和医学昆虫标本馆。为开展病原微生物与生物安全科学研究提供了良好的科研条件。