• 回答数

    3

  • 浏览数

    263

雨霖霖i
首页 > 论文问答 > 关于农业信息技术的论文摘要

3个回答 默认排序
  • 默认排序
  • 按时间排序

怪叔叔是绅士

已采纳
计算机模拟与生物学研究的新趋势摘要:随着生物学知识的积累和计算机技术的发展,出现了研究生物学的新方法:计算机模拟。典型的是日本Keio大学学者设计的电子细胞和美国康涅狄格州州立大学学者设计的虚拟细胞,允许生物学实验在这样一个人工环境里运行。生物学家将有可能利用这种新的工具来研究对于常规实验技术来说要漫长或复杂困难的生命过程机制。这是实验生物学进步的必然,也将为理论生物学成为整个生命科学的先锋带来莫大的机遇。 关键词:模拟、复杂、细胞、计算机 Computer simulation and new tendency of method in biological research field Zhou Jian-Jun、Wu Cai-Hong, College of Life Sciences,Peking University 100871 Feng Mei-Fu, Institute of Zoology,Chinese Academy of Sciences 100080 Abstract: A new research method, which is marked by its artificial laboratory with the assistance of high quality computer and software, has emerged in biological The most important model platforms may be the electronic cell or virtual cell, designed by Tomita from Keio University, Japan and Schaff and Loew from Connecticut University,USA, Biologists will utilize the distinguished tool to accumulate knowledge on complex life mechanisms that seem to be difficult or far-reaching for conventional experimental Like physics and economics, theoretical biology will stand as the pioneer in the development of life Key Words:simulation、complexity、cell、computer 有这样一个奇怪的现象,理论家在物理学、经济学中占据王者地位,在生物学研究中却恰恰相反,试图从数学计算进行理论研究的人处于被忽视的地位。人们包括实际从事生物学领域工作的研究者心中的生物学必然是诞生于充满各种离心机、电泳槽和奇形怪状的瓶瓶罐罐的实验室,文章写作的模式也几乎千篇一律,先是前言,再是材料与方法,然后是结果与讨论。分子生物学家就是在这样的生活与研究环境中,基于直接的观察和实验,一点一滴地收集着有关生老病死的数据材料,整天忙于单个基因的克隆和功能分析,单个信号分子与直接相关蛋白的作用方式;而在怎样将生命本身作为复杂系统从总体上进行研究,大家还顾不上考虑,更不要说运用什么模型进行演绎和预测了。 不过还是有些"傻瓜"或者"疯狂"的的幻想者继续做着他们的梦想,他们时时刻刻想把现实世界中生命形式和美妙过程映射到计算机模拟的环境中,创造数字形式的"人工生命",美国加州的Santa Fe Institute(SFI)就有这么一群"疯子"。类似眼下颇为流行的人工智能,"人工生命"是用计算机来模拟基本的生物学机制和生命本身,而人工智能的研究范围是在模拟人思维过程。Chris Langton在70年代初即开始了这方面的尝试。他在阅读中发现计算机的老祖宗冯•诺意曼从40年代起就对诸如自我繁殖等问题发生了兴趣,而这个现象是生物最本质性的自然规律之一从DNA 复制、细胞分裂到两性生殖。Langton把阅读地来的兴趣化为决定毕生追求的工作,召集起志同道合的研究人员,并于1987年与SFI和苹果计算机公司召开了首届关于人工生命的国际研讨会,从蚂蚁王国的集体行为、蛋白质分子的自组织到生态系统的计算机演化无所不包。其中最引人注目的是曾写作《Selfish Gene》而名扬天下的牛津大学著名生物学家Richard Dawkins演示的一个程序,它用反复对一个初始模拟生物形式使用若干简单的规则的方法居然在计算机上描绘出与真实生物界惊人相似的生命演化和灭绝的过程。 人们正在从计算机创造出的虚拟空间中寻造真实世界的替身,完成实际情况下难于控制代价高昂和对于社会和实验者自身过于危险的实验研究。 生命过程在很大程度上是一种化学过程,至少现在主要研究的或有能力研究的是这样。而本世纪二三十年代量子力学的主要框架确定之后,理论上就能从原子外层电子的行为解释和计算化学反应的过程,可怜那会儿没有计算机,即使在六七十年代,用程序来计算模拟分子之间的化学反应也不能引起化学家们的兴趣。然而现在的情况改变了,名叫Gaussian98的这样一种软件成为了几乎所有顶尖化学研究人员的宠儿,它愈来愈表现出的模拟生物大分子相互作用的卓越能力更加吸引着生物领域苦苦奋斗的研究者。因为它的巨大成功,为它的发展而作出杰出贡献的Watter Kohn和John APople,一个发明了更加简便易算的量子化学密度函数计算方法,一个将这种理论程序化验变为可在计算机环境中模拟分子反应过程的实用工具,获得98年诺贝尔化学奖。 细胞是生物体的最基本形式,关于生命的复杂性,从细胞里能学到很多东西,特别是整体大于部分的经典的系统伦命题。怎样研究单细胞的复杂性进而规模更大的生命形式,乃至千缠万扯的生态系统,是把在生物学家面前无比挑战性的课题。传统实验研究思路和分析方式显然无法胜任这种要求,单靠生物学家的自身本事异乏掀巨澜之势,幸而计算机科学发展到今天如此发达的程度,使得一门新诞生的生物信息学横跨在两者之间,也产生了一些计算机与生物学双料精英,让两者都受益,当然本文仅从这种大趋势对生物学研究的影响来阐述。 本世纪中叶发展起来的分子生物学已将细胞内的物理化学过程描述得如此精细从基因表达到跨膜信号传递,从细胞的能量产生与消耗到其不知不觉的诞生和无声无息的死亡,然而无论我们对这些具体过程知道的是多么清楚,我们还是不可能明白这团生命的聚合体是怎样作为一个整体在运作的,因为我们曾经所做的和观察的都只是在它的一个侧面,大象不会因为知道自己要被一群瞎子去摸而自动分解为一只耳朵、一条腿、一个身子和一根尾巴。以往所有的分子生物学试验都是在盲人摸象,随着人类基因组计划和几个模式生物基因组计划的加快进行和完成,现在我们需要一个强大的而且美妙的工具去把这些支离破碎的知识组装起来,来检验一些东西,来预测一些东西。这就是计算机模拟。 在日本的Keio大学有一个名叫Masaru Tomita的生物信息学教授(这位正是所谓的计算机/生物学双料高手)领导的研究小组,正在做一个有着划时代意义的软件:E-CELL。这是一种生物学计算机模拟软件,在计算机环境中构造一个虚拟的电子细胞,它不仅仅是包括一些单一的细胞事件和过程,而是将从整体的角度为细胞描绘一幅全图。这个软件将在今年六月份在网上(-)公布β测试版。E-CELL其实一个建模的工具包或平台,它允许使用者规定细胞的基因、蛋白质以及其他分子,它们的胞内定位和估计浓度,给出各自单独的相互作用所依赖的"游戏规则",然后剩下的工作交给计算机来完成,看这些使用者输入的"初始值"在细胞这个复杂系统里是怎样相互作用构成细胞的。电子细胞将把每个时刻特定位置特定物质的变化通过画面和数字告诉你;你可以仅仅用鼠标去轻轻敲击就能实现在分子生物学实验室费死牛劲的基因敲除、转基因或基因修饰等操作,自由的将感兴趣的细胞暴露在某一中生存环境下,无需考虑细菌的污染、RNA的降解或讨厌的放射性损害。研究者所需做的就是输入初始值,然后就是在计算机屏幕前喝杯咖啡等待友好的E-CELL模拟罢了。无疑这种方法将提供一个非常简捷经济的筛选药物和研究基因功能手段,更重要的是,我们能实时的看到某个因素和环节对细胞整体行为及生命活动的影响。目前这个程序可在UNIX或Linux操作系统下运行。Tomita的小组已用E-CELL的早期版本建构了一个"假想的细胞",拥有大部分来自解脲支原体(最简单的细胞和最简单的基因组)的127个基因。这个虚拟的细胞就在计算机环境下"生活"着,从虚拟的培养基中吸取着葡萄糖等养分,合成各种各样的维系细胞生存的酶和蛋白质,排出乳酸等代谢废物。难道生物学与计算机科学联姻的E-CELL仅能象吸引小孩子的动画片提供一种教学节目演示吗?当可以做演示,而且它的重复性很好,绝没有人为的误差;更重要的是它在给我们一种崭新的探索环境,我们能从已知里寻找未知的联系,检验我们的思想。Tomita就有这样的意外发现:当中断虚拟细胞的葡萄糖供应时,细胞里的ATP(所有生命过程里最重要的能量供应者)水平在下降之前竟然有一个短暂的上升。根据这个简单模拟结果,Tomita推测产生ATP的系列过程前期也需要ATP本身来供应能量,那么当葡萄糖来源中断后,这种自身消耗便不再进行,而行进在ATP产生途径中后期的代谢中间产物还会维持一小会ATP的供应。可以鲜明的看出来模拟试验为在活细胞中进行的实在试验提供了最有价值的提示和线索,滤掉了许多繁琐而重复的过程,留给科学家饶有趣味的课题和材料。当然为了恰如其分的模拟,我们首先要给我们的模拟软件充实许多的素材,知道更多数目的基因及其功能,知道在柔软的细胞及生物体里潜藏的物理化学规则,最终能够模拟"真实"有机体的完整细胞。 除了Tomita对E-CELL的努力,美国康涅狄格州立大学健康中心的计算机科学家James Schaff和生理学家Leslie Loew也在做同一个梦想,他们设计了一个"Virtual Cell",放在他们的主机上(du),用户可以以远程登陆的方式运行各自的模拟试验。除了同时将细胞作为整体来模拟,细胞生物学家还能在这个系统里研究细胞的形态体积和别的物理特征怎样影响特定生化过程的。Virtual Cell建立在 Loew对分子扩散和在活细胞内如何反应的准确测量基础上。这些结果用数学语言描述出来再写成相应的计算机程序,"组装"成现实细胞镜象般的计算机化的细胞,一个软件使用者可以免于具体生化过程制约的框架环境。比如研究人员用鼠标人为的加入虚拟细胞一定量的钙,然后观察Virtual Cell是如何解决该这个胞内重要信号分子的命运和它所关联的生物分子的参与的事件。除了看到象在活细胞中纪录到的钙振荡外,还能预测另一种信号分子IP3的动力学过程,而后者在活细胞里进行实验是难以做到的。研究人员将想看电影一样得到完整的细胞内分子事件的全过程,相比现在实验生物学家整天泡在凌乱的实验室里的辛勤,这简直一种不可思议的轻松和奢侈。 这两种模拟软件是可以互补的,而其中透露出来的信息和研究趋势正激起愈来愈多的兴趣,尤其在细胞生物学加中,没有计算机对他们研究的辅助,他们越来越感到一天比一天难活。这正是最有生命力的信息科学与生命科学在未来的21是互相交融共放异彩的明兆。愿更多的人相信。 现在越来越多的科学实验特别是比较复杂的实验采用这种方法来做,并且取得了非常有价值的结论,非常值得积极于生物学发展的工作者借鉴,比如最近Science 杂志刊登的关于长颈恐龙如何觅食的研究。长颈蜥脚类恐龙生活在侏罗纪和白垩纪。本世纪早期,蜥脚类恐龙化石第一次被发现时,其颈部被描述为水平姿态。 但近来发现的化石被重新搭建后发现它的头远远高出地面,有着天鹅般曲线的颈部几乎与地面垂直。这迅即引起了人们对这种恐龙的血液循环如何为头部提供血液的争论,一些研究者甚至认为它可能有多个心脏。但是原始的化石标本很重且易碎,难以在其关节上移动,因而很难确定它颈部的初始形态。为了解决这个问题,Steven和Parrish开发了"DinoMorph"软件来模拟两种长颈蜥脚类恐龙即Diplodocus和Apatosaurus的颈部形态。该软件模拟了每一对颈部脊椎运动的几何学细节,得到了复杂的三维图景。结果表明,它们的颈部在放松时几乎是水平的,向下倾斜的角度很小。头部离地面很近,与颈部相比又有一个向下的角度。两种恐龙的颈部没有传统假说所认为的那般柔软,Diplodocus仅能使其头部抬起来超过背部,Apatosaurus的灵活性略好一些。这意味着长颈蜥脚类恐龙是沿着湖滨吃生长在地上的植物,而不是像长颈鹿一样吃树叶。 出现了这么一种研究形式,我们有必要反思一下什么是科学和科学方法。科学,除开它已延伸开去的几乎作为真理代名词的含义,其实是在一种精神和方法指导下进行的一种社会行为,这个方法就是所谓科学方法。而其中最核心的就是可重复的受控实验思想,即可用实验来验证关于世界之所以为世界的种种假说。只有经历这样过程的理论才能真正称为科学理论。然而在自然科学研究的焦点注视到自然界最复杂的生命系统时,我们原有的酒精灯、试管、显微镜和解剖刀不再够用,甚至我们连实验的重复性都不能再很好的把握,因为生命系统的非线性,某些过程的不可逆性和复杂的受千万种实验可变因素影响的人工不可控性。我们需要在现实实验室的旁边或内部再建立一个做专门研究生命复杂体系的实验室系统,计算机虚拟实验室,开展大型的假想-预测-检验并反复循环的"生命游戏",领导整个生物学研究的走向,给它确定最有价值的研究命题,指导它该做什么,可能会发生什么。在这个绝妙的替身里重新恢复科学的尊严,恢复人类探索未知的兴趣和自信,让理论生物学在此全面地走在实验实践的前头,支撑起21世纪常规科学的基础。 参考文献: 《复杂》129-184,276-336页,Mitchell Waldrop 1995年著;陈玲译,1997年4月北京生活•读书•新知三联书店出版。 《虚实世界-计算机仿真如何改变科学的疆域》41-197页,1996年John LCasti著;王千祥、权利宁译,1998年12月上海科技教育出版社出版。 Dennis N Building working cells 'in silico' Science 1999,284:80- Kent A Stevens, J Michael P Neck Posture and Feeding Habits of Two Jurassic Sauropod D
112 评论

yangwenmoney

288 评论

small891227

信息技术是当今世界发展最快的高新技术, 它正推动着全球经济朝着以计算机及信息网络为基础的信息化方向发展。农业信息化已成为现代农业的重要标志。我国农业开始从传统农业向现代农业转变, 信息技术目前被广泛应用在农业各个领域,一、信息技术信息技术是应用信息科学的原理和方法, 同信息打交道,以扩展人类信息器官的功能的技术。它集通信( C om m unication)、计算机( C om puter) 和控制( C ontrol) 技术于一体, 国外又称之为“3C ”技术, 其内容包括信息接受技术、信息传递技术、信息处理技术及信息控制技术。信息技术的四大内容中, 信息传递技术和信息处理技术是整个信息技术的核心,而信息接受技术、信息控制技术是核心与外部世界的接口,四者构成一个完整的功能体系, 并与人的信息器官及其功能系统相对应。其内容互相综合, 已形成多项应用开发技术, 如数据库技术、人工智能、专家系统、遥感技术、地理信息系统、全球定位系统、计算机辅助决策系统、自动控制技术、多媒体技术、计算机网络技术等, 它们渗透到农业的各个方面, 充分展示了信息技术强大的生命力和广阔的应用前景。二、信息技术在农业中的主要应用(一)对农情的监测。农情监测的主要任务是监测耕地的变化、粮棉作物的面积、长势、灾害与产量。由于信息技术的发展,“3S”技术( 遥感技术, 地理信息系统, 全球定位系统) 已应用于国家和全球尺度的农情监测。1、自然灾害监测。在G IS 技术支持下, 可实现对遥感获取的灾情信息与地面现实信息的有机结合, 进行干旱、洪涝、森林灾情、雪灾、水土侵蚀、病虫害等方面的动态监测。由于遥感与地理信息技术能及时准确地获取有关信息, 已广泛应用于信息采集和信息处理, 实现灾前预警、灾情监控、灾后评估。目前我国主要用于洪灾、作物病虫灾害、旱灾、土地荒芜沙化监测、森林火灾等。2、农业估产及生长动态监测。信息技术在农业生产中的应用主要在四个方面, 即作物生长模拟模型、农业专家系统、农业生产实时控制系统及作物遥感估产。作物生长模拟是利用专业知识和数学模型, 通过计算机分析模拟作物生长过程, 协助解决多样化和不确定问题, 作物估产(含生长势监测)历来就是人们十分关注的农业情报。美国于1975- 1979 年完成了大面积作物清查试验(LA C I 计划), 并在国内推行以Landsat的T M 资料为基础的面积框图抽样遥感估产取得成功。我国于1983- 1985 年就应用Landsat资料进行了小麦遥感综合测产研究。专家系统是以知识为基础, 在特定问题领域内能像人类专家那样解决复杂现实问题的计算机系统。我国自80 年代开始, 已研制出近40 种专家系统, 如砂礓黑土小麦施肥专家系统, 水稻主要病虫害诊治专家系统, 小麦、玉米、桑蚕品种选育专家系统, 农业气象专家系统等。农业生产实时控制系统主要用于灌溉, 耕耘作业, 果实收获, 畜牧生产过程自动控制, 农产品加工自动化控制及农业生产工厂化。我国还利用遥感与地理信息系统技术, 研制出耕地变化监测系统, 棉花种植面积遥感调查系统, 作物产量气候分析预报系统, 作物短、中、长期预报模型, 小麦、水稻遥感估产信息系统等。这些成果的实用化将极大地推动我国农业生产管理的现代化、信息化。3、农业环境监测。随着人口的增长, 人类对资源的掠夺式的开发, 造成了严重的环境问题, 影响了农业生产。信息技术快速查清各类农业资源及其分布, 了解和掌握环境状况; 对有限的农业资源及环境变化进行有效监测; 预测各种措施对农业资源及环境带来的可能影响, 实现资源合理开发利用,保护生态环境。(二)农产品质量检测。我国加入W T O 后, 农产品面临着国际化竞争, 农产品能否进入国际市场, 取决于产品品质的好坏, 因此, 农产品品质的检测就显得非常重要。1995 年美国成功研制出M erling 高速高频计算机视觉水果分级系统, 用于苹果、梨、桃等的水果的分等定级和品质监测。我国农业工作者为了提高农产品质量, 应用现代信息技术致力于产品品质检测系统的研究, 这些系统的研究与应用能够及时地检测产品品质质量指标, 分析模拟品质好坏。生产者根据这些信息及时地控制或调整化学肥料和农药的施用, 避免化肥和农药的不必要施用而造成在产品中的残留, 影响产品品质。(三)农地分等和土壤养分管理。农用地分等定级是对决定土壤生产力的内在属性和影响土壤生产力的外部环境条件进行综合评价, 用量化指标确定土地质量等级, 为制定有关农业政策、综合治理中、低土壤, 建立高产稳产田、促进农业持续、稳定和协调发展提供依据。G IS 强大的空间数据分析处理能力和制图功能为完成农用地分等提供了技术支持。(四)在管理和经营决策中的应用。我国正在抓紧建设国家公用数字通信网, 国家公用经济信息基干通信网等国家信息国道的建设, 全面实施" 金" 字工程。国家农业信息网络已具规模, 信息扶贫致富工程正在实施, 农业部自1994 年开始,在中国农业信息网的基础上, 逐步开发农产品产销信息系统网络, 这些网络的建成将改变我国农业信息服务体系的环境, 有利于各级政府部门对农业发展的宏观决策指导, 提高办公自动化水平, 快速准确向农村、农户提供全方位的信息服务。农户只要有一台微机终端, 通过网络就能够及时获得农业法规、农业政策、市场行情、产品销售等信息, 合理地进行农资购置与产品销售, 促进农村市场繁荣和经济增长。(五)在农业研究及技术推广中的应用。我国已建成农业科研项目计算机管理系统( A R IC M S) , 中国农业文献数据库,中国农业科技成果库, 中国农业研究项目数据库, 农业实用技术数据库等, 同时还引进了世界上几个最主要的农业数据库, 目前, 全世界建立了4 个大型的农业信息数据库, 即联合国粮农组织的农业数据库(A G R IS)、国际食物信息数据库(IFIS)、美国农业部农业联机存取数据库(A G R IC O LA )、国际农业与生物科学中心数据库(C A B I)。我国除引进以上世界大型数据库外, 自己建立了数十个农林数据库。这些数据库的运行和服务都取得了社会效益和经济效益, 为农业生产提供了大量农业信息资源和科学技术, 推动了生产的发展。三、我国信息技术在农业应用中存在的问题(一)农民文化素质低,高层农业信息技术开发人才缺乏,信息化意识和利用信息的能力不强。信息技术是一项高科技, 其开发应用需要高科技人才。由于农民的文化素质较低,农民对信息的利用能力差, 成为信息农业实施的一大障碍。(二)信息农业成本过高,信息农业普及难度大。信息农业以信息技术为支撑, 信息农业技术装备如监测仪、计算机、G IS 软件、G PS 装置等设备价格昂贵。全国农民人均纯收入仅34 元, 农民无力购买昂贵的技术装备, 使信息农业难以推广。(三)农业信息化基础工作水平低,信息化、网络化程度低。我国已建成一批农业信息资源库, 但其数量和质量均远不足以形成信息产业。农业信息技术总体水平不高,信息化、网络化程度低主要表现在两个方面: 一是我国虽然已全面起动" 金" 字工程, 加快各种信息网及高速信息公路的建设,但不同地区发展很不平衡, 我国局域网连接的PC 数目平均水平很低, 只有12 个, 而美国、日本、澳大利亚、韩国分别达68、26、64、35 个; 二是数据库的开发、各种应用软件的网络化水平低, 严重制约信息技术的推广应用。(四)信息农业体系整体服务水平不高。高层农业信息技术开发人才缺乏, 利用信息技术能力低。到目前为止, 我国还没有建立起一支专业化的农业信息服务队伍, 现有的信息技术人才不足, 服务人员素质不高, 影响了信息服务质量。四、促进农业信息技术革命,加速农业信息化发展的对策(一)建立和完善农业信息产业和农业信息化体系。政府应承担起农业信息化的引导责任, 同时积极发挥社会组织、广大农民及社会其它力量的作用进行农业信息开发。应普及计算机及计算机知识, 培育农业信息市场和信息产业, 促进和完善农业信息体系, 为信息技术在农业上的应用及推广提供良好环境。(二)加强信息市场管理。应加强对农业信息资源开发和利用的统一规划和指导, 逐步建立并完善各级信息资源, 建立标准和数据更新体系, 加强数据更新技术的研究与应用。同时加强信息市场的管理和立法, 避免信息数据库的重复建设, 提高数据库的网络化水平, 增强数据的共享性, 开发和利用各省、市、县等地区的农业数据库, 促进地方农业信息化建设进程。(三)大力加强国家信息网络建设。农业信息化和信息技术的应用要依托全国信息主干网, 加快“农”工程建设。在发挥国家投资主渠道作用下, 各地及有关农业部门应加大投入, 建立区域网、局部网, 并与国内主干网、互联网接轨, 实现农业技术人员、管理人员、农户入网。加强高层农业信息技术人才培养, 增强全民信息意识。加强农业应用软件网络化、多媒体化及可视化研究, 使农业信息技术可实行远程推广, 远程教育。(四)建设农业信息技术基地,加强信息技术的示范推广。选择民众信息意识强、信息基础设施较好的地区, 建立农业信息技术示范基地, 组织农学家、信息专家、经济学家参与规划建设和实施。并加快成熟信息技术成果的推广, 边试验边应用, 根据试验情况总结经验, 成熟后向其它地区大力推广,使农业信息技术走向实际应用的“试验———推广”的道路。

248 评论

相关问答