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截至2014年12月，学校有4个省级科技创新团队，24个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心，建立了安徽省计算机中医应用研究所、临床医学研究所、现代中药研究中心、科研实验中心、药物研究所、中西医结合研究所、新安医学研究中心、中医药研究所、神经病学研究所等研究机构，此外该校还建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。教育部重点实验室：新安医学教育部重点实验室安徽省重点实验室：针灸基础与技术安徽省重点实验室、现代中药安徽省重点实验室、安徽省中药研究与开发重点实验室安徽省工程技术研究中心：现代中药安徽省工程技术研究中心安徽省2011协同创新中心：安徽道地中药品质提升协同创新中心国家中医药管理局中医药科研实验室（基地）：现代中医内科应用基础与开发研究实验室、数字化影像技术实验室、中药药剂实验室、神经生物学（针灸）实验室、免疫实验室、细胞分子生物学（脑病）实验室、慢性阻塞性肺疾病肺气虚证重点研究室、国家中医临床研究基地 2009-2014年，学校共承担各级各类项目1500余项，其中承担国家“973”计划、国家“863”计划、国家科技支撑计划、星火计划重点项目、重大新药创制专项、国家自然科学基金和社会科学基金等国家级项目136项，科研经费2亿余元；取得研究成果300余项，获得省部级以上科技奖励27项（其中国家科技进步奖2项）。在2015年度国家自然科学基金申请项目评审结果中，该校2015年度获得立项资助项目23项，共批准直接经费9万元（经费总额约1185万元），超过了历年的资助额度。国家自然科学基金受资助项目序号负责人项目名称项目类别1 张自品基于介体型的Heme蛋白质中高氧化铁的电化学和光谱电化学研究青年科学基金项目 2 吴大强鱼腥草素钠抑制铜绿假单胞菌Las菌群传感调控系统的分子机制研究青年科学基金项目 3 谢冬梅基于竞争抑制原理的外来入侵苍耳对中药苍耳子资源与化学品质的影响研究青年科学基金项目 4 韩岚基于血小板微颗粒信使作用研究桃红四物汤对实验性脑缺血血管新生调节机制青年科学基金项目 5 艾文龙肝豆片干预Wilson病模型小鼠线粒体自噬的机制研究青年科学基金项目 6 王婕琼基于单胺类神经递质的COPD抑郁障碍与“肺主悲忧”理论的关联机制研究青年科学基金项目 7 纵瑞凯基于FAK/Calpain为中心的信号转导网络调控血小板活化探讨新风胶囊对AA大鼠作用机制青年科学基金项目 8 蔡兴慧基于cAMP途径探讨针刺干预海洛因复吸大鼠成瘾记忆作用的分子机制研究青年科学基金项目 9 何璐基于嗅觉通路探讨艾烟对膝骨性关节炎大鼠镇痛效应的分子机制青年科学基金项目 10 彭华胜基于“器官性状-组织结构-化学成分”的关联性揭示黄芪道地药材“辨状论质”的科学内涵面上项目 11 胡容峰定位释药胶囊型中药渗透泵控释制剂的构建及释放与吸收相关性的研究面上项目 12 陈光亮基于TLR/MyD88/NF-kB受体信号通路和NALP3炎性体研究萆薢总皂苷治疗痛风性关节炎的机制面上项目 13 许钒基于肾病综合征模型及AVP-NOS/NO-AQP2途径研究当归芍药散活血利水作用机制及物质基础面上项目 14 汪长中以pH通路为靶标研究白头翁汤正丁醇提取物对白念珠菌VVC临床株形态转化及生物膜形成的抑制作用及机制面上项目 15 黄金玲基于Wnt信号通路调控胃癌细胞EMT的化痰通瘀解毒方抗胃癌侵袭转移作用机制研究面上项目 16 方朝晖益气活血法调控2型糖尿病大鼠内皮损伤状态下血管新生的作用机制面上项目 17 韩咏竹基于LKB1-AMPK自噬调控通路的通腑养髓方对高铜诱导的多巴胺能神经元损伤的保护机制研究面上项目 18 于庆生健脾通里中药对胃切除大鼠肠黏膜上皮紧密连接的影响及其机制面上项目 19 李伟莉补肾安胎冲剂改善RSA小鼠母胎界面血管生成障碍的机制研究面上项目 20 蔡标黄蒲通窍胶囊干预Ca2+-CaMKIV信号通路抑制tau蛋白过度磷酸化在AD治疗中的研究面上项目 21 张庆萍基于DTI探讨白质超微结构改变在化瘀通络灸干预SIVD中的作用面上项目 22 吴子建 HCN通道介导针刺心经保护急性心肌缺血致心律失常模型大鼠心室肌功能的相对特异性研究面上项目 23 王茎艾灸调控mTOR信号通路抑制细胞自噬的心肌保护效应机制研究面上项目资料来源：馆藏资源 2010年6月，该校图书馆被国务院批准为“全国古籍重点保护单位”。据2015年9月学校图书馆官网显示，该校图书馆有中医药书库、线装书库、样本书库、外文书库、中文二线书库等各类书库和专业期刊阅览室、过期报纸阅览室等各类阅览室、电子阅览室、自修室等共计26个，此外，还建有安徽首家古籍修复室；馆藏各类纸质文献9万册（含教学院部5万册），订阅中外文纸质期刊1521种，拥有《中国学术期刊全文数据库》、中国优秀硕士、博士论文全文数据库、万方《数字化期刊数据库》、万方《中国学位论文数据库》（博硕士论文），《中国生物医学文献数据库》、《中国药学文摘数据库》、《中国中医药数据库》、《银符在线考试题库》、《读秀学术搜索》、《人大复印资料库》、《万方医学视频数据库》、《ScienceDirect》、《Springer外文期刊全文数据库》、《泉方外文期刊数据库》等中外文数据库27个，超星与中国数字图书馆、北大方正、书生之家、EBM等电子图书共2万余册，并有部分网上免费资源，电子资源容量已达6T。已建立起系列服务器群，拥有了较完善的内部网络信息服务平台。学术期刊《安徽中医药大学学报》（原名《安徽中医学院学报》）是由安徽省教育厅主管、安徽中医药大学主办的综合性中医药学术期刊，创刊于1981年12月。　　该刊得到上级主管部门多次表彰和奖励：1989年获全省高校自然科学学报三等奖；1990年获全国高等医药院校学报二等奖；1995年获全国高校优秀自然科学学报三等奖，全省高校优秀自然科学学报二等奖，全省优秀科技期刊三等奖；1998年获全省优秀科技期刊二等奖；1999年获全国优秀高校自然科学学报三等奖，全省高校优秀学报一等奖；2002年获安徽省优秀科技期刊三等奖；2004年获中国高等学校自然科学学报二等奖和安徽省高等学校自然科学学报二等奖；2005年获安徽省优秀科技期刊二等奖；2008年获第二届中国高校优秀科技期刊奖；2009年获全国高校科技期刊优秀编辑质量奖和安徽省高校优秀学报二等奖；2011年该刊编辑部获“中国高校科技期刊优秀团队”称号；2012年获第四届中国高校优秀科技期刊奖；2013年获第二届中国高校优秀科技期刊网站奖及安徽省优秀科技期刊奖。另外，该刊编辑人员曾多次受到国家教育部、卫生部、新闻出版总署，省科技厅、教育厅的表彰和奖励。　　并连续被中国科学技术信息研究所列为《中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）》，并被《中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）》《中国期刊全文数据库（CJFD）》《中国核心期刊（遴选）数据库》《中国生物医学文献服务系统（SinoMed）》及美国《化学文摘》等数据库收录。

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